Am 9. Juni 2022 trat das Assoziierungsabkommen der Ukraine zu Horizon Europe in Kraft. Das Abkommen gilt rückwirkend ab dem 1. Januar 2021. Bei einer Assoziierung an Horizon Europe schließen Nicht-EU-Staaten mit der EU ein Kooperationsabkommen und zahlen in das Forschungsrahmenprogramm ein. Vor dem Hintergrund des russischen Angriffskrieges auf die Ukraine hat die Europäische Kommission der Ukraine die finanziellen Beiträge zu Horizon Europe jedoch erlassen. Dies gilt zunächst für die Jahre 2021 und 2022. Assoziierte Staaten können, bis auf wenige Ausnahmen, zu den gleichen Bedingungen an Horizon Europe teilnehmen wie EU-Mitgliedstaaten.